Para alcançar seus objetivos, a Organização Universitária Interamericana (OUI) se apoia em um enfoque participativo. As instituições membros, representadas por seus mandatários legais, formam a Assembléia geral, instância suprema de decisão da organização.

A Assembléia geral tem como responsabilidade a eleição do Conselho de Administração, seu presidente, seus vice-presidentes e ratifica a eleição dos Conselhos regionais. Ela nomeia o Secretário geral executivo, o Tesoureiro e o Conselho jurídico.

A Assembléia geral identifica as prioridades, fixa o valor das cotizações anuais e de qualquer outra contribuição financeira, estabelece as orientações e adota as decisões ou recomendações úteis para o bom funcionamento da organização.

A Assembléia geral se reúne uma vez por ano, na data e no lugar decididos pelo Conselho de Administração.

O Conselho de Administração é a instância encarregada da gestão dos assuntos administrativos da organização. É integrado por 13 membros que estão na frente de algumas das mais reconhecidas universidades de seus países.

O Conselho de Administração se esforça para manter uma representação equilibrada das universidades públicas, privadas, cooperativas e confessionais das Américas.

Cada uma das nove regiões da OUI está sob a responsabilidade de um Conselho regional, presidido pelo vice-presidente, quem cumpre um mandato renovável de dois anos. Fornece apoio ao presidente, à Secretária geral executiva e aos diretores executivos dos programas da OUI, que juntos formam o Comitê executivo.

O Conselho de Administração se reúne duas vezes por ano, mantendo um contato regular entre estas reuniões.

Atualmente, é composto por:

• Presidente: Maritza Rondón Rangel​, Reitora , Universidad Cooperativa de Colombia, Colombia
• Secretário geral executivo: David Julien, Canadá
• Tesoureira: Valérie Amiraux, Vice-Reitora de Comunidade e Parcerias Internacionais, Université de Montréal, Canada
• Presidente saliente: Óscar Garrido Álvarez, Rector, Universidad de Los Lagos, Chile
• Presidente Honorário: Juan Carlos Romero Hicks, México
• Fiscal: Karla Alejandra Escárcega Robledo, Universidad de Guanajuato ,México
• Vice-presidentes regionais:
  • América Central: María Estrada Sánchez, Reitora, Universidad Técnica Nacional, Costa Rica
  • Brasil: Jenifer Saffi, Reitora, Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre, Brasil
  • Canadá: Christian Blanchette, Reitor, Université du Québec à Trois-Rivières, Canadá
  • Caribe: José Rafael Espaillat, Reitor, Instituto de Educación Superior en Formación Diplomatica y Consular (INESDYC), República Dominicana.
  • Colômbia: José Leonardo Valencia Molano, Reitor nacional, Fundación Universitaria del Area Andina, Colômbia
  • Cone Sul: Guillermo Tamarit, Reitor, Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires, Argentina
  • Estados Unidos: Lawrence Schovanec, Reitor, Texas Tech University (TTU), USA 
  • Mexico: Christian Jorge Torres Ortiz Zermeño, Reitor, Universidad de Colima, México
  • Países Andinos: Walter Mera Ortiz, Reitor, Universidad Católica de Santiago de Guayaquil, Equador

Os membros de cada região, os seus conselheiros e o seu vice-presidente respectivo formam a Assembléia regional.

As principais funções das Asembléias régionais consistem em proteger os interesses da sua região aprovando um Plano anual de desenvolvimento para a região, formular propostas de iniciativas regionais que apoiem os objetivos da organização e eleger o Conselho regional, composto pelo vice-presidente, o vice-presidente suplente e os conselheiros regionais.

As instâncias regionais celebram uma reunião ordinária ao menos uma vez por ano e uma reunião extraordinária a pedido de um terço de seus membros, do presidente ou do Conselho de Administração da OUI.

Região	País	IES	Nome	Posição
América Central	Guatemala	Universidad de San Carlos de Guatemala	Olga Moscoso	Coordenadora Geral de Cooperação e Relações Internacionais
Brasil	Brasil	Universidade Federal de Santa Catarina	Luciane Stallivieri	Pesquisadora
Canadá	Canadá	Simon Fraser University	Carol Zachs	Diretora Sênior, SFU Internacional
Canadá	Canadá	Université du Québec	Etienne Carbonneau	Diretor, Apoio à Internacionalização
Estados Unidos	Estados Unidos	Brenau University	Rosi Ponce	Diretora Executiva, Miller Institute for Global Education
México	México	Universidad Autónoma de Guerrero	José Betancourt Villa	Diretor de Cooperação Internacional e Intercâmbio Acadêmico
Caribe	República Dominicana	Universidad Central del Este	Sandra Olaya	Diretora de Relações Internacionais
Colômbia	Colômbia	Universidad del Rosario	Sandra Guarín	Chanceler
Cone Sul	Argentina	Universidad del Salvador	Luciana Tondello	Vice-reitora de Pesquisa e Desenvolvimento
México	México	Universidad Popular Autónoma del Estado de Puebla	Andrés Barba	Diretor de Relações Internacionais
Países Andinos	Chile	Universidad Arturo Prat	Diego Olivares	Diretor de Relações Internacionais
Paises Andinos	Peru	Universidad Tecnológica del Perú	Mariela Cantoni	Diretora de Relações Internacionais

Secretário geral executivo (SGE): David Julien

Direção de planejamento e desenvolvimento: Fernando Daniels

Direção acadêmica: Leticia Jimenez

Direção de relações institucionais: Claudia Núñez del Arco

Responsável das comunicações: Ana Maria Gonzalez

eMOVIES: Aura María Monsalve

Contabilidade: María Alejandra González