Para alcançar seus objetivos, a Organização Universitária Interamericana (OUI) se apoia em um enfoque participativo. As instituições membros, representadas por seus mandatários legais, formam a Assembléia geral, instância suprema de decisão da organização.

A Assembléia geral tem como responsabilidade a eleição do Conselho de Administração, seu presidente, seus vice-presidentes e ratifica a eleição dos Conselhos regionais. Ela nomeia o Secretário geral executivo, o Tesoureiro e o Conselho jurídico.

A Assembléia geral identifica as prioridades, fixa o valor das cotizações anuais e de qualquer outra contribuição financeira, estabelece as orientações e adota as decisões ou recomendações úteis para o bom funcionamento da organização.

A Assembléia geral se reúne uma vez por ano, na data e no lugar decididos pelo Conselho de Administração.

O Conselho de Administração é a instância encarregada da gestão dos assuntos administrativos da organização. É integrado por 13 membros que estão na frente de algumas das mais reconhecidas universidades de seus países.

O Conselho de Administração se esforça para manter uma representação equilibrada das universidades públicas, privadas, cooperativas e confessionais das Américas.

Cada uma das nove regiões da OUI está sob a responsabilidade de um Conselho regional, presidido pelo vice-presidente, quem cumpre um mandato renovável de dois anos. Fornece apoio ao presidente, à Secretária geral executiva e aos diretores executivos dos programas da OUI, que juntos formam o Comitê executivo.

O Conselho de Administração se reúne duas vezes por ano, mantendo um contato regular entre estas reuniões.

Atualmente, é composto por:

• Presidente: Oscar Garrido Álvarez, reitor, Universidad de Los Lagos, Chile
• Secretário geral executivo: David Julien
• Tesoureira: Valérie Amiraux, Vice-Reitor de Comunidade e Parcerias Internacionais, Université de Montréal
• Presidente saliente: Allan Cahoon, ex-reitor, Royal Roads University, Canadá
• Vice-presidentes regionais:
  • América Central: Emmanuel González Alvarado, reitor, Universidad Técnica Nacional, Costa Rica
  • Brasil: Denise Pires de Carvalhol, reitor, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Brasil
  • Canadá: Joy Johnson, reitor e Vice-chanceler, Simon Fraser University, Canadá
  • Caribe: Ana E. Cucurella – Adorno, presidenta, Caribbean University, Puerto Rico
  • Colômbia: Maritza Rondón Rangel, reitor, Universidad Cooperativa de Colombia, Colombia
  • Cone Sul: Guillermo Tamarit, reitor, Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires, Argentina
  • Estados Unidos: Federico Zaragoza, reitor, College of Southern Nevada
  • Mexico: Luis Felipe Guerrero Agripino, reitor, Universidad de Guanajuato. Mexico
  • Países Andinos: Osvaldo Correras Jorquera, reitor, Universidad de Valparaíso, Chile

Os membros de cada região, os seus conselheiros e o seu vice-presidente respectivo formam a Assembléia regional.

As principais funções das Asembléias régionais consistem em proteger os interesses da sua região aprovando um Plano anual de desenvolvimento para a região, formular propostas de iniciativas regionais que apoiem os objetivos da organização e eleger o Conselho regional, composto pelo vice-presidente, o vice-presidente suplente e os conselheiros regionais.

As instâncias regionais celebram uma reunião ordinária ao menos uma vez por ano e uma reunião extraordinária a pedido de um terço de seus membros, do presidente ou do Conselho de Administração da OUI.

Secretário geral executivo (SGE): David Julien

Direção de planejamento e desenvolvimento: Fernando Daniels

Direção acadêmica: Leticia Jimenez

Relações institucionais: Claudia Núñez del Arco

Responsável das comunicações: Ana Maria Gonzalez

eMOVIES: Aura María Monsalve

Contabilidade: Habimael Rodriguez